※ネタバレを含みます
| トロフィー | 所得方法 |
| プラチナトロフィー | 全てのトロフィーを獲得 |
| 悪夢の幕開け | 最初のステージをクリアした |
| ドクター・スタインマン | ドクター・スタインマンを倒した |
| ピーチ・ウィルキンス | ピーチ・ウィルキンスを倒した |
| アトラス | アトラスを倒した |
| 森林復活 | アルカディアの森を生き返らせた |
| コーエン最高傑作 | サンダー・コーエンの作品を完成させた |
| アンドリュー・ライアン | アンドリュー・ライアンを倒した |
| 武器のスペシャリスト | 全ての武器を完全に強化する |
| 研究博士 | 全種類の敵の研究を完了する |
| プロハッカー | 50回ハッキングを成功させた |
| 武器強化の第一歩 | 初めて武器を強化した |
| バウンサーの研究完了 | バウンサーの研究を完了する |
| 救世主 | ハーベストを一度もせずにゲームをクリアした |
| 有望な研究員 | リサーチカメラで全種類の敵を最低1回研究する |
| ハッカーへの第一歩 | はじめてのハッキングを成功させた |
| サギッシュ・スプライサーの研究完了 | サギッシュ・スプライサーの研究を完了した |
| スパイダー・スプライサーの研究完了 | スパイダー・スプライサーの研究を完了した |
| フーディーニ・スプライサーの研究完了 | フーディーニ・スプライサーの研究を完了する |
| レベヘッド・スプライサーの研究完了 | レドヘッド・スプライサーの研究を完了する |
| ニトロ・スプライサーの研究完了 | ニトロ・スプライサーの研究を完了する |
| ロージーの研究完了 | ロージーの研究を完了する |
| リトル・シスターの研究を完了する | リトルシスターの研究を完了する |
| 最高の1ショット | 評価Aの写真を撮った |
| セキュリティポッドのハッキング | セキュリティポッドのハッキングに成功した |
| タレットのハッキング | タレットのハッキングに成功した |
| セキュリティカメラのハッキング | セキュリティカメラのハッキングに成功した |
| ベンディング・マシンのハッキング | ベンディング・マシンのハッキングに成功した |
| 金庫のハッキング | 金庫のハッキングに成功した |
| 大発明家 | 100個のアイテムを発明する |
| 弾薬発明家 | 全種類の段や鵜を発明した |
| トニックコレクター | 収集、もしくは発明して、トニックを合計58個入手する |
| より高みへ | HARDの難易度でゲームをクリアした |
| 発明家への第一歩 | 初めてアイテムを発明した |
| 精神制御からの解放 | フォンテインのマインド・コントロールを打ち破った |
| 1スロットの取得 | プラスミド、もしくはトニックのスロットを津購入した |
| スプライサーの生態 | 初めてスプライサーの写真を撮った |
| 全てのリトル・シスターとの遭遇 | 全てのリトルシスターをハーベスト、もしくはれすくーした |
| 1トラック全スロットの取得 | プラスミドかトニックの1トラック内すべてのスロットを購入した |
| 全スロットの取得 | プラスミドとトニックの全スロットを購入した |
| 武器1種類の完全強化 | 1種類の武器を完全に強化した |
| 武器2種類の完全強化 | 2種類の武器を完全に強化した |
| 武器3種類の完全強化 | 3種類の武器を完全に強化した |
| 武器4種類の完全強化 | 4種類の武器を完全に強化した |
| 武器5種類の完全強化 | 5種類の武器を完全に強化した |
| ビッグ・ダディへの変装 | ビッグ・ダディに変装した |
| 大当たり | スロットマシンでドルマークを揃える |
| 水中感電 | 水場にいる的を感電させた |
| 人は選ぶ | 難易度SURVIVORでゲームをクリアする |
| 不可能の達成 | ヴィたチャンバーを使用せずに難易度SURVIVORをクリアする |
| 無謀な挑戦 | ヴィたチャンバーを使用せずに難易度HARDの案イドでクリアした |
